يتم تلقيح الفرس المختارة في برنامج نقل الأجنة تلقيحاً صناعياً في الغالب, وبعد ثمانية أيام من الإباضة ومن خلال إجراءات آمنة يتم استرداد الجنين الذي دخل طور النمو, ثم يتم تعقيم الجنين المسترجع بوسائط خاصة ومن ثم يتم نقل الجنين المسترجع إلى الفرس الحاضنة التي ستكمل فترة الحضانة كاملة, عندما تتم هذه العملية على يد أصحاب الخبرة والاختصاص فإنها تتحقق دون آثار سلبية، وتسمح للفرس بإنتاج العديد من الأمهر خلال الموسم الواحد ومن فحول مختلفة, كذلك تمكننا عملية نقل الأجنة من الإنتاج من الأفراس الغير قادرة جسدياً على الحمل.
وهناك المزيد من المزايا الأخرى الناتجة عن عملية نقل الأجنة تتمثل بالقدرة على الإنتاج من الأفراس الأصغر سناً (غير مكتملة النضج) بالإضافة إلى أن هذه العملية تمنح الفرصة للفرس بالإنتاج دون أن يمنعها ذلك من ممارسة نشاطاتها الاعتيادية والمشاركة في البطولات و المسابقات, لاتسبب عملية نقل الأجنة أي مخاطر على الفرس وقدرتها على الإنجاب مستقبلاً عندما تتم هذه العملية وفق إجراءات منظمة وبوساطة شخص مختص ذي خبرة, يمكن أن تخضع الفرس لعملية نقل الأجنة بدءاً من عمر السنتين الى نهاية عمرها مادامت قادرة على إنتاج الأجنة, تختلف معدلات الإنتاج في المهرات بعمر السنتين بإختلاف نسبة البلوغ والنضج عند هذه المهرات، ولكن بعض المهرات قادرة على إنتاج الأجنة كالفرس الناضجة, إن خصائص وميزات الحصان وراثية ولا تتأثر بالفرس الحاضنة, لا يوجد أي تأثير قد يصيب النمط الوراثي من خلال عملية نقل الأجنة، وإنما قد يحدث ذلك بحسب التوجهات والأساليب التي يتبعها المربين بغية الحصول على صفات معينة بالخيل طبقاُ للمعاير المعاصرة المتغيرة ورغبة المربين والملاك بالمنافسة, لذلك ينبغي الانتباه إلى كيفية إتخاذ قرارت الإنتاج وعدم الإعتماد على سلالات ودماء معينة والتركيز عليها او استخدام بعض الفحول بطرق زائدة عن نطاق المعقول.